O Tubarão-de-pontas-negras dos recifes pertence ao mais complexo grupo de tubarões, os Carchariniformes, ou tubarões dos fundos.

Os tubarões estão classificados em oito ordens diferentes, de acordo com as características físicas comuns que agrupam as espécies. Embora isto pareça relativamente simples, não é fácil classificar tubarões, pois as características usadas para defini-los nem sempre são fáceis de identificar. Algumas das características usadas para diferenciar os tubarões incluem: o número de fendas branquiais, o número e tipo de barbatanas, a presença de uma membrana por cima do olho, o tipo de reprodução e até a estrutura de válvulas nos intestinos. Como resultado disso, duas espécies semelhantes podem ser membros de ordens totalmente diferentes, por exemplo o tubarão mako e o tubarão-azul; enquanto outras duas bem diferentes podem ser membros da mesma ordem, como é o caso do tubarão-prego e do tubarão-martelo, que pertencem à ordem dos Carcharhiniformes.

Classificar tubarões é tão complicado que nem mesmo os especialistas conseguem chegar a um acordo ao determinar a espécie de um exemplar. Alguns estudiosos colocam o tubarão-cobra, do qual só existe uma espécie conhecida, numa ordem separada dos outros e denominada Chlamydoselachiformes. Entretanto, há quem coloque os membros de um grupo apelidado de tubarões-prego – e cujas duas espécies a maioria dos taxinomistas coloca nos Squaliformes – na sua própria ordem dos Echinorhiniformes.

As oito ordens de tubarões, segundo o seu mais fácil reconhecimento, são:

Heterodontiformes: Tubarões Bullhead – contendo um só gene e distribuídos por apenas 10 espécies.

Orectolobiformes: Tubarões Carpet – 34 espécies, incluindo o tubarão-baleia, o tubarão-lixa e o tubarão-zebra.      

Lamniformes: Tubarões Mackerel – 16 espécies, incluindo alguns bem conhecidos, como o grande tubarão-branco e o tubarão mako.

Carcharhiniformes: Tubarões ground. O grupo mais complexo, com mais de 270 espécies, incluindo o tubarão-tigre, o tubarão-martelo e  o tubarão-branco.

Hexanchiformes: Tubarões-vaca – 4 espécies, com seis ou sete fendas branquiais.

Squaliformes: Cações – Cerca de 115 espécies conhecidas, incluindo esqualos, pata-roxas e  “lantern sharks” (Etmopterus granulosus).

Squatiniformes: Tubarões-anjo: Cerca de 18 espécies, todos com uma forma de corpo distintivamente achatada.

Pristiophoriformes: Tubarões-serra: 8 espécies, todos com um focinho em forma de serra.