O imperador Inca era considerado um deus, por isso era obedecido pelos seus súditos.

O Estado incaico era teocrático porque o imperador, o Inca, era reconhecido como o filho do sol, o deus mais importante. Um conselho de nobres e sacerdotes, chamados de orelhões e pertencentes à família real, assessorava o Inca nas tarefas do governo.

Cada vez que morria um Inca, havia uma guerra civil entre os pretendentes ao trono: filhos do imperador falecido, irmãos, sobrinhos e membros de outras famílias. O vencedor era proclamado Inca e deveria voltar a restituir a ordem, depois da anarquia em que se encontrava o estado antes de assumir o Império.

A partir daí, os sucessivos Incas passaram a ter o costume de formar uma linhagem própria, chamada de panaca. Cuzco contava com uma dúzia de panacas. Os parentes do Inca falecido, menos o filho que lhe sucedia, formavam uma panaca e gozavam das propriedades que o falecido havia adquirido durante a sua vida. Ao assumir, o novo Inca era considerado huacho ou pobre, mas através do exercício do poder voltava a acumular vários bens.

As funções do Inca eram muitas e variadas. Dirigia o governo, às vezes a guerra, mandava construir cidades e celebrava matrimônios. A cada ano ele devia abrir os campos com um bastão de ouro para devolver a fertilidade, e varrer as doenças quando chegava a época de chuvas.

Diz-se que o Inca Pachacutec teve que ir pessoalmente a Arequipa para apagar um vulcão em erupção com bolas de argila molhada em sangue de lhama.