A grande expansão do Império foi possível graças à cuidadosa organização da força militar. Todo inca entre 25 e 50 anos tinha a obrigação de servir o exército. As maiores autoridades eram sempre membros das panacas nobres de Cuzco, e a chefia suprema do exército era do próprio Inca, que podia delegar a função a um de seus generais ou parentes próximos.

Paralelamente a este exército, formou-se um grupo de militares de profissão, inclusive em níveis médio e baixo da tropa, recrutados especialmente entre certas etnias derrotadas e logo incorporadas a esta tarefa.

A ação militar era iniciada com um desfile para impressionar o adversário. Os soldados marchavam com seus distintivos. O general ia em sua liteira e levava em sua mão o emblema de sua autoridade. À vista do exército inimigo, era feito o alarde. O general ou o Inca revistava suas tropas enquanto soavam instrumentos musicais. Logo depois vinha o sermão e finalmente o ataque.

O poder do exército inca tinha dois elementos: a administração e a disciplina. Para facilitar o deslocamento de seus exércitos, os incas construíram uma vasta rede de caminhos. Ao longo destes caminhos, as tropas em campanha podiam parar para descansar e para trocar animais e armas. A disciplina era muito rígida. Não era permitido que um soldado abandonasse a formação nem mesmo durante a marcha de aproximação.